您必须在接收，存储，处理，包装和运输过程中保护有机完整性。许多经过认证的操作都没有任何困难处理有机和非有机产品。这些操作称为“混合”操作。混合操作负责保护整个生产的有机成分和产品。这是通过防止混血有机和无机成分以及污染有机成分，具有禁止的消毒剂，加工辅助工具和害虫防治材料。
CCOFH4.0有机实践形式询问有关如何保护有机完整性的具体问题。这通常是通过单独的存储搁架或储藏室，清晰的标牌，标签，清洁记录以及设施中的其他系统级别方法来完成的。某些操作在跑步之间进行彻底清洁或清除，或在非有机体之前进行专用有机运行。